Os pacotes instalados correspondem aos perfis selecionados durante a instalação, mas não necessariamente ao uso que realmente vai ser feito da máquina. Desta forma, você pode querer usar uma ferramenta de gerenciamento de pacotes para refinar a seleção dos pacotes instalados. As duas ferramentas mais frequentemente usadas (que estarão instaladas se o perfil "Ambiente de área de trabalho Debian" - Debian desktop environment - tiver sido escolhido) são o apt (acessível pela linha de comando) e o synaptic ("Gestor de Pacotes Synaptic" nos menus).

Para facilitar a instalação de grupos coerentes de programas, o Debian cria "tarefas" que são dedicadas a usos específicos (servidor de e-mail, servidor de arquivos, etc.). Você já teve a oportunidade de selecioná-las durante a instalação, e pode acessá-las de novo graças a ferramentas de gestão de pacotes como o aptitude (as tarefas são listadas em uma seção distinta) e o synaptic (através do menu Editar → Marcar Pacotes por Tarefa…).

O Aptitude é uma interface para o APT em modo texto e tela cheia. Com ele o usuário pode navegar na lista de pacotes disponíveis segundo várias categorias (pacotes instalados ou não-instalados, por tarefa, por seção, etc), e para ver toda a informação disponível em cada um deles (dependências, conflitos, descrição, etc.). Cada pacote pode ser marcado com "instalar" (para ser instalado, tecla +) ou “remover” (para ser removido, tecla - key). todas estas operações serão conduzidas simultaneamente uma vez que você tenha confirmado elas ao pressionar a tecla g ("g" de "go!", "vai" em inglês). Se você esqueceu alguns programas, sem problema; você pode rodar o aptitude novamente depois que terminar a instalação.

Of course, it is possible not to select any task to be installed. In this case, you can manually install the desired software with the apt or aptitude command (which are both accessible from the command line). The packages can be found using the apt-cache search task keyword command.

Um primeiro apt upgrade (um comando usado para atualizar automaticamente os programas instalados) é geralmente necessário, especialmente devido a possíveis atualizações de segurança lançadas desde o lançamento da última versão estável do Debian. Estas atualizações podem envolver algumas questões adicionais via debconf, a ferramenta de configuração padrão do Debian. Para mais informações sobre estas atualizações conduzidas pelo apt, verifique em Seção 6.2.3, “Atualização do sistema”.