Nejdůležitější je pochopit, jak pracuje balíčkovací software, protože systém je z velké části spravován právě balíčkovacím systémem. Jedná se o adresáře:

Do vyjmenovaných adresářů byste neměli zasahovat, protože byste mohli narušit informace udržované balíčkovacím systémem a mohlo by to vést až k nefunkčním aplikacím. Například když nahradíte program /usr/bin/perl, nejspíš bude vše fungovat, ale s přechodem k novější verzi balíku perl o své úpravy přijdete. Zkušení uživatelé tomu dokáží zabránit převedením balíku do stavu „hold“.

One of the best installation methods is apt. You can use the command line version of apt as well as tools like aptitude or synaptic (which are just graphical frontends for apt). Note that apt will also let you merge main, contrib, non-free, and non-free-firmware so you can have restricted packages (strictly speaking not belonging to Debian) as well as packages from Debian GNU/Linux at the same time.

I když máte po instalaci systému Debian k dispozici oficiální repositáře balíčků, je možné, že budete potřebovat software, který se v nich nenachází. V takovém případě se můžete poohlédnout po dalších více či méně oficiálních repositářích, které mohou daný software obsahovat. Jeden komentovaný seznam repositářů naleznete Wiki stránce Dostupný software pro Debian (stabilní vydání)

Pokud udržujete více verzí různých aplikací, bude vás zajímat manuálová stránka příkazu update-alternatives.

Všechny periodické úlohy spojené se správou systému by měly být v adresáři /etc, protože to jsou konfigurační soubory. Pokud spouštíte administrátorské úlohy denně, týdně, nebo měsíčně, umístěte je do /etc/cron.{daily,weekly,monthly}. Spouštění těchto úloh je řízeno souborem /etc/crontab. Úlohy poběží postupně podle abecedního pořadí.

Jestliže však máte speciálnější požadavky (potřebujete úlohu spouštět pod jiným uživatelem nebo chcete úlohu pouštět v určitém čase nebo intervalu), můžete použít soubor /etc/crontab, nebo ještě lépe /etc/cron.d/cokoliv. Tyto soubory mají navíc pole pro jméno uživatele, pod kterým se má úloha spustit.

V obou případech stačí přidat/upravit soubory a cron je automaticky rozpozná a začne používat — není potřeba spouštět žádný příkaz. Další informace jsou v cron(8), crontab(5) a /usr/share/doc/cron/README.Debian.