¿Por qué podría querer alguien compilar un nuevo núcleo? En general esto no es necesario porque el núcleo por omisión proporcionado en Debian gestiona la mayoría de las configuraciones.
Si aún así, quieres compilar tu propio núcleo, esto es por supuesto posible y te recomendamos que utilices “make deb-pkg”. Para más información puedes consultar el Manual del Núcleo de Linux en Debian.