För att stänga av ett körande Debian GNU/Linux-system ska du inte starta om med reset-knappen på fram- eller baksidan av din dator, eller helt enkelt stänga av datorn. Debian GNU/Linux bör stängas ner på ett kontrollerat sätt, annars kan filer gå förlorade eller hårddisken bli skadad. Om du kör en skrivbordsmiljö finns det ofta ett alternativ tillgängligt för att ”logga ut” från programmenyn som låter dig stänga av (eller starta om) systemet.

Alternativt kan du trycka på tangentkombinationen Ctrl+Alt+Del . Om tangentkombinationerna inte fungerar är ett sista alternativ att logga in som root och skriva in nödvändiga kommandon. Använd reboot för att starta om systemet. Använd halt för att stoppa systemet utan att stänga av det ^[15]. För att stänga av maskinen, använd poweroff eller shutdown -h now. Systemd init-systemet ger ytterligare kommandon som utför samma funktioner; till exempel systemctl reboot eller systemctl poweroff.