まず理解すべき最も重要な考え方に、Debian のパッケージングシステムがあります。基本的に、システムの大部分はパッケージングシステムの管理下にあると考えられています。このパッケージングシステムによって管理されるディレクトリには、以下のディレクトリが含まれています。

例えば、/usr/bin/perl をあなたが別に用意したファイルで置き換えたとしても、その動作には問題はありません。ただし、後で perl パッケージを更新すると、あなたが置いたファイルはパッケージによって置き換えられてしまいます。これを避けるには、aptitude でパッケージを 「hold」 (保留) するという操作を行います。

ベストなインストール方法の一つに apt があります。コマンドライン版の apt を使うことも、aptitude や synaptic (apt のグラフィカルなフロントエンド) のようなツールを使うこともできます。apt は main・contrib・non-free・non-free-firmware をまとめて扱うので、制限されている (正確にいうと Debian には含まれていない) パッケージを Debian GNU/Linux からのパッケージと同様な形で同時に取得できるという点に留意してください。

Debian のデフォルトインストールでは有効にならない、公式・非公式のソフトウェアリポジトリがあります。この中には、重要で当然インストールしておくソフトウェアもたくさんあります。こういった追加リポジトリの情報は、Debian Wiki の The Software Available for Debian's Stable Release ページにあります。

複数のバージョンがあるアプリケーションは、update-alternatives で管理されています。同種のアプリケーションを複数保守する場合は、update-alternatives の man ページをご覧ください。

システム管理者権限のもとで実行するジョブは、設定ファイルのある /etc に置いてください。毎日、毎週、毎月 root で実行する cron ジョブがあれば、/etc/cron.{daily,weekly,monthly} に置いてください。これらは /etc/crontab から呼び出され、アルファベット順に実行されます。

一方、特定のユーザで実行する必要がある cron ジョブや、特定の時間または頻度で実行する必要がある cron ジョブには、/etc/crontab あるいは /etc/cron.d/whatever が使えます (後者の方が望ましい)。これらのファイルには cron ジョブを実行するユーザアカウントを明記する特別なフィールドがあります。

どちらの場合も、ファイルを編集するだけで cron が自動的に実行してくれます。特別なコマンドを実行する必要はありません。詳しい情報は cron(8)、crontab(5)、/usr/share/doc/cron/README.Debian をご覧ください。